Турли манбаларга кўра бу кутубхонада жами 50 мингдан 700 минггача ўроғлиқ номалар сақланган. Оддий одамлар умуман киритилмаган асосий омборхона шоҳ саройида, иккинчи – ҳамма учун очиқ бўлган омборхона – Серапис маъбудига бағишланган бутпарастлар ибодатхонасида жойлашган эди.
Қадимий манбаларда Искандария кутубхонаси математиклар Евклид ва Архимед, шифокор Герофила, астрономлар Эратосфен ва Аристарх Самосский каби афоснавий шахслар меҳнат қилган қадимги дунёнинг энг йирик илмий маркази сифатида тавсифланади.
Кутубхона қадимги тамаддун таназзулидан ўта олмади: унинг бир қисми Цезарнинг Миср подшоси Птолемей билан уруши пайтида йўқ қилинди, асосий қисми эса Искандариянинг Рим императори Аврелиан томонидан эрамиздан аввалги 273 йилда Зинобия исёнини босишда ҳалок бўлган деб ҳисобланади.
Кутубхонанинг яна бир қисми эрамизнинг 4-асри охирларида насронийларнинг Мисрдаги бутпарастларга қарши кураш вақтида вайрон қилинган. Насронийлар кутубхонага тегишли бўлган ўрама хатлар сақланадиган бутпарастларнинг Серапис ибодатхонасини вайрон қилган.
Бироқ ўрта асрларда Искандария кутубхонасини мусулмонлар Мисрни фатҳ қилиш давомида вайрон қилганлиги ҳақида маълумотлар пайдо бўлган. Амр ибн Ос розиаллоҳу анҳуга ҳавола қилган ҳолда айтиладики, иккинчи халифа Умар розиаллоҳу анҳу бу ерда жойлашган китобларни нима қилиш кераклиги ҳақидаги саволга қуйидагича жавоб берган: «Агар бу китобларда Қуръонда бор нарсалар айтилган бўлса, улар бефойда. Агар уларда бошқа нарсалар ҳақида айтилган бўлса, улар зарарли. Шу сабабли у ҳолатда ҳам, бу ҳолатда ҳам уларни ёқиб юбориш керак». Аммо, илк мусулмон асарларида бу воқеа ҳеч қаерда қайд этилмаган.
Замонавий тарихчиларнинг ишонч комилки, Амр розиаллоҳу анҳу кутубхонага ўт қўймаган. Боз устига, улар Умар розиаллоҳу анҳу асло бундай буйруқ бермаганига ҳам ишончи комил.
«…Амрдан унга баъзида қўйиладиган жаҳон маданияти олдидаги оғир бир гуноҳ - Умарнинг буйруғи билан машҳур Искандария кутубхонасини ёқиб юборганликда айбловни олиб ташлашни истардик. Мутахассислар яхши биладики, Умарга бориб тақаладиган хайрли иш – Қуръонга қарши чиқадиган китобларни йўқ қилиш атиги бир афсона, холос, лекин оммавий адабиётларда бу афсона баъзида тарихий факт сифатида келтирилади. Бироқ на араблар фатҳи давридаги босқинчилик ва талончиликлар ҳақида хабар берган Иоанн Никиуский, на Исломга душманлик нигоҳи билан қараган бошқа бир насроний тарихчиси кутубхонадаги ёнғин ҳақида эслаб ўтмаган. Афтидан, бу пайтга келиб машҳур кутубхонада асар ҳам қолмаган – у олдинги уч аср давомида насронийларнинг бутпарастлар илму-фанига қарши кураши босими остида аста-секинлик билан сўниб борган» (Большаков О.Г. История Халифата, т.2 стр.122)
Бироқ, унда мусулмонларга қўйилган бу айбловлар қаердан пайдо бўлди?
Тадқиқотчилар бир овоздан яна бир манбани кўрсатади – бар-Эбрей («яҳудийнинг ўғли») лақабли сиро-яковит епископи Григорий. Яковитлар – черков ихтилофлари натижасида вужудга келган Яқин Шарқдаги кўп сонли насронийлар черковларидан бири. Яковитлар ўзини православ деб ҳисоблайди, лекин византия черков маросимларини тан олмайди ва у бўйича барча хизматчилар жойлардаги черковлар ҳисобланади.
Унинг биографиясида яна бир ўзига хос жиҳат унинг мусулмонлар душманлари – салибчилар ва мўғуллар билан ҳамкорлик қилиши ҳисобланади. У Хулагулар сулоласи томонидан бошқарилган мўғул хонлиги пойтахти Табризда мунтазам яшаган.
Айнан унинг 18-19-асрларда европа тилларига таржима қилинган асарларида Искандария кутубхонасини мусулмонлар йўқ қилганлиги ҳақида маълумотлар келтирилади. Шуниси диққатга сазоворки, мусулмон тарихчилари –Бағдодий, Қифтийдан келиб чиқадиган  ўхшаш маълумотлар ҳам бар-Эбрей ижоди билан бир даврга мансуб.
Искандария кутубхонаси билан боғлиқ ҳолатда салибчилар ва мўғул истилочиларига қарши курашда диндор мусулмонларни бадном қилиши кўзда тутилган мақсадли йўналтирилган иғво бўлганга ўхшайди. Уни мусулмонларнинг ўзи эмас, балки исломни ўз тадқиқотларининг предмети сифатида кўриб чиқадиган исломшунос олимлар фош қилганлиги диққатга сазовор.