Институтни аъло баҳолар билан тамомлагач, 1961 йили СССР ФАда Шарқшунослик институти қошидаги аспирантура бўлимида ўқишни давом эттиради. Москвада ўқиб юрган чоғларида араб тилшунослигига қизиқиб, бу тилни мукаммал ўрганади. 1962 йилда, ҳали аспирантурада ўқиб юрган маҳалида, Шамсиддин Бобохонов Москвада янги ташкил этилган Иттифоқ мусулмонлар ташкилотлари халқаро алоқалар бўлимида ишлай бошлайди. Кўп ўтмай унга Қоҳирадаги Ал-Азҳар университетида ўқиш учун йўлланма берилади. У ердаги таҳсилини тугатгач, 1966 йили яна Москвага қайтиб, ўз ишини давом эттиради. Бу ерда ишлаган чоғларида у отаси Зиёвуддинхон ибн Эшон Бобохоннинг содиқ ёрдамчисига айланади: хорижий мамлакатлар мусулмонлари билан халқаро алоқаларни ўрнатиш ва ривожлантириш ишларида фаол иштирок этади.
Россиядаги йирик шарқшунос ва тилшунос олимлар билан бўлган мулоқотлар унинг ҳаётида ўчмас из қолдирди. Ўзи ҳам кўп ўтмай заковати ва чуқур билими билан илмий давраларда танилади. 1973 йил июнь ойида у “Араб тилида иккиланган сонлар категорияси” мавзусидаги номзодлик диссертациясини ёқлайди.
Шундан кейин Ўзбекистонга қайтган Шамсиддинхон Бобохонов Имом Бухорий номидаги Тошкент ислом институти проректори бўлиб иш бошлайди (1974 й.). Бир йилдан кейин институт ректори этиб тайинланади (1975 й.).
Бу ерда ишлаган кезларида унинг ташкилотчилик қобилияти ғоят иш берди. У теран фикрли ва кўпни кўрган инсон бўлганидан институтнинг моддий-техникавий асосини ва илмий салоҳиятини мустаҳкамлашга алоҳида эътибор қаратди. Институт раҳбари сифатида турли мамлакатлардаги диний ўқув юртлари, тадқиқот марказлари ва ташкилотлари билан яқин алоқалар ўрнатиб, ўқув даргоҳини мунтазам ривожлантирди. Талабаларга дарс бериш учун энг моҳир, тажрибали дин олимлари, шарқшунос ва тилшуносларни ишга таклиф этди. У, шунингдек, нашр ишларига ҳам катта аҳамият берган: унинг раҳбарлигида диний ўқув юртлари талабалари учун дарслик ва қўлланмалар чоп этилди. У ўртаосиёлик ва хорижий олимларнинг илмий китобларини чуқур ўрганиб, таржималар қилди. Тинчлик, дўстлик, халқаро ҳамкорлик йўлида, дунёни ядро ҳалокатидан асраб қолиш учун олиб борилаётган курашларга бағишланган бир неча китоб ва мақолалар ёзди. Айни шу йилларда ислом дунёси олимлари орасида Шамсиддинхон Бобохонов йирик олим ва дин арбоби сифатида юксак эътирофга сазовор бўлди.
1982 йилдан 1989 йилга қадар Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назорати раиси бўлиб хизмат қилган Шамсиддин Бобохонов Боку, Москва ва Тошкент шаҳарларида ўтказилган халқаро анжуманларнинг ташаббускори бўлди. У динлараро, халқаро анжуманларнинг ташкилий қўмиталарига аъзо бўлиб, уларнинг ишида фаол қатнашди. Маърузаларида мусулмонларни халқлар ўртасида тинчлик ва дўстликни мустаҳкамлашга, мутаассиблик ва террор-зўравонликка қарши курашга чақирди. АҚШ Ливияга қарши босқинчилик уруши очган кунларда Ислом ташкилотлари номидан норозилик нотасини АҚШнинг Москвадаги элчихонасига Шамсиддинхон Бобохонов топширган.
Шамсиддинхон Бобохоновнинг Бутунжаҳон Тинчлик Кенгаши, масжидлар бўйича Бутунжаҳон Олий Кенгаши, Осиё ва Африқа халқлари бирдамлиги Совет қўмитаси ва Тинчликни ҳимоя қилиш қўмиталарига, Совет ва Ўзбекистон Тинчлик жамғармалари каби қатор бутунжаҳон, халқаро ва республика миқёсидаги ташкилотларга аъзо қилиб сайланиши унинг эзгу хизматлари кенг эътироф этилганининг далилидир. У маърифий-маънавий соҳадаги ишлари учун Абу Али ибн Сино номидаги халқаро мукофотга сазовор бўлган, 1985 йили Иордания Қироллик академиясининг ҳақиқий аъзоси этиб сайланган. Халқлар ўртасида тинчлик ва дўстликни мустаҳкамлашга қўшган ҳиссаси учун “Халқлар дўстлиги” ордени билан мукофотланган. Шунингдек, кўп мамлакатларнинг фахрий ёрлиғи ва эсдалик нишонлари билан тақдирланган.
Шамсиддинхон Бобохонов истеъдодли ташкилотчи сифатида масжидларни, меъморий ёдгорликларни таъмирлаш, майдонларни ободонлаштириш, диний-илмий китобларни нашр эттириш борасида ибратли ишларни амалга оширган. У 1985 йилда Қозон шаҳрида Қуръони каримни нашр этиш бўйича ташкил этилган кенгашга раҳбарлик қилди. Шунингдек, унинг раҳбарлиги остида “Совет Шарқи мусулмонлари” таҳририяти учун махсус янги бино қуриб битказилди, диний идорага қарашли кутубхона жамғармаси бойитилди.
Шамсиддин Бобохонов кейинги фаолиятини алломалардан мерос қолган муборак қўлёзмаларни тадқиқ қилишга бағишлади. У 1989-1994 йилларда ЎзР ФА Абу Райҳон Беруний номидаги Шарқшунослик
институтида ишлайди. Унинг муаллифлиги ва иштирокида Қуръони карим 30-порасининг ўзбекчага маъно таржимаси, Имом Бухорийнинг “Ахлоқ дурдоналари” китобининг таржимаси, “Машҳур ҳадис шарҳловчилари”, “Нақшбандия тариқатига оид қўлёзмалар фиҳристи”, “Сўнмас зиё”, “Буюк муҳаддислар халқлар ўртасида тинчлик ва дўстлик ҳақида”, “Советлар мамлакатида Ислом ва мусулмонлар”, “Шайх Зиёвуддин ибн Эшон Бобохон”, “Минг бир фатво” “Амир Темур ва Темурийлар ҳақида Миср кутубхоналарида сақланаётган манба ва қўлланмалар фиҳристи” каби кўплаб илмий ва оммабоп китоблар, рисолалар ва мақолалар нашр этилган.106
Шамсиддинхон Бобохонов 1994-2001 йилларда Ўзбекистоннинг Миср Араб Республикаси, Саудия Арабистони ҳамда ўриндошлик асосида Жазоир, Иордания, Қувайт ва Баҳрайн давлатларидаги Фавқулодда ва Мухтор элчиси бўлиб ишлади. У 2003 йил 15 апрелда оламдан ўтган. Жанозасини муфтий Абдурашид қори Баҳромов ўқиган. Тошкентдаги Ғойибота қабристонига дафн этилган.

"Ўзбекистон уламолари" китобидан
Ҳайдархон Йўлдошхўжаев