Отаси – Мулла Муҳаммад Охунд ўз қишлоғида таниқли уламо, маҳаллий кичик масжиднинг имом бўлган. Камбағал уламо Муҳаммад Охунд ўз ерига эга бўлмаган, оиласи билан биргаликда фақат диний фаолият билан шуғулланувчи қавмдошларнинг пул ва ҳосилидан, закотларига бутунлай қарам эди.
Ҳайбатуллоҳ Охундзода бошланғич диний таълимини отасидан олган. 1979 йил СССР қуролли кучлари Афғонистонга бостириб кирганидан сўнг 18 ёшли Ҳайбатуллоҳ Охундзода ва унинг оиласи қўшни Покистонга қочишга мажбур бўлиб, Покистон-Афғонистон чегараси яқинидаги Кветта шаҳрига жойлашди. У ерда диний ўқишини давом эттирди ва кейинчалик мадрасалардан бирига раҳбарлик қилди.
1980-йилларда советлар тарафдори бўлган Афғонистон Демократик Республикасига қайтиб, совет армиясига қарши мужоҳидлар сафида фаол ҳаракат қилди. 1994 йилда ёш «Толибон» ҳаракатига қўшилди. Бу пайтда толиблар Эрон билан чегарадаги Фарах вилоятини босиб олди ва Охундзода ушбу вилоятда «жиноятчиликка қарши кураш учун масъул» (маҳаллий ИИВ бошлиғи) этиб тайинланди. 1996 йил Кобул босиб олингач, Охундзода «Толибон» ҳаракатининг «Яхши фазилатларни тарғиб қилиш ва иллатларнинг олдини олиш Департаменти»га аъзо бўлди. 1990-йиллар охирларида Қандаҳорга кўчиб келиб, катта мадраса ва кичик ҳужралар тармоғида мулла ва муҳтасиб бўлиб, у ерда, баъзи манбаларга кўра, ўша пайтда бутун Афғонистондан юз мингга яқин Толибон (яъни талабалар) таҳсил олган. Баъзи хабарларга кўра, унинг Кобулдан Қандаҳорга "сургун" қилишига «Толибон»нинг ўша пайтдаги раҳбарияти билан Афғонистон Ислом амирлигининг ички сиёсати борасида баъзи ихтилофлар сабаб бўлган.
2001 йилда АҚШ бошчилигидаги халқаро коалиция босқинидан сўнг Охундзода «Толибон» ҳаракатининг уламолар Кенгаши раҳбари бўлди. Бир оздан сўнг у ҳамма ёғи пачава бўлаётган Афғонистон Ислом амирлигининг шариат судига бош қози (судья) ҳамда Мулла Умарнинг маслаҳатчиларидан бири этиб тайинланди. Ўша йиллардаги АҚШ разведка хизматларига кўра, Ҳайбатуллоҳ Охундзода «Толибон» орасида руҳоний раҳбар сифатида кўпроқ обрў-эътиборга эга бўлган ва ҳарбий қўмондон ҳисобланмаган. Разведка манбаларида унинг нотиқлик хислатлари, ислом ва харизма ҳақидаги кенг билимларга эга экани қайд этилган. У толиблар фатволарининг аксариятига масъул бўлиб, вақти-вақти билан юзага келган толиблар ичида диний ва ахлоқий низолар бўйича судья ва эксперт сифатида фаолият юритган. Маълумки, Мулла Умар ва Мулла Мансур у билан тез-тез бир қатор масалалар, жумладан, муҳим фатволар чикариш борасида маслаҳатлашиб турардилар.
Баъзи хабарларга кўра, Афғонистонда коалиция қўшинлари бостириб кирганидан кейин ҳам Охундзода Афғонистонни тарк этмаган, асосан мамлакатнинг Жанубий қисмларида ҳамда Покистон билан чегара яқинида яширинган. «Толибон» ташвиқоти 2001 йилдан 2016 йилгача Афғонистонни ҳеч қачон тарк этмаганини айтади. 2015 йилда у кўтарилди ва "Толибон" ҳаракати раҳбарининг муовини бўлди. Ҳаракат раҳбарининг ўринбосари сифатида у жорий қилган муҳим янгиликлардан бири сифатида экспертлар ички хавфсизлик тизими жорий этилишини қайд қилади, унга кўра вилоятлар ҳукмдорлари ҳузурида «тақводор мусулмонлар» таркибидан махсус комиссиялар ташкил этилиб, уларга дала қўмондонлари ва жангариларни суиистеъмол ва қоидабузарликларини тергов қилиш, жазолаш ва уларни назорат қилиш ҳуқуқи берилган.
2016 йилнинг 25 май куни Ҳайбатуллоҳ Охундзода "Толибон" ҳаракатининг Олий қўмондони ва раҳбари этиб тайинланиши эълон қилинди. Охундзода Муҳаммад Яқуб ва Сирожиддин Ҳаққонийни ўз муовинлари этиб тайинлади. Айрим хабарларга кўра, Охундзодани ҳаракат раҳбари ўлаётган пайти ўзининг вориси деб атаган. Мулла Абдулраззоқ Охунд ва Абдул Сата Охунд 2016 йил декабрида Охундзодани қўллаб-қувватлашини айтган.
2021 йил май ойида Охундзода афғон халқини АҚШ қўшинларини чиқариб ташлаш ва Ислом давлати ташкил этишга чақирди. 2021 йил августида Охундзоданинг номинал қўмондонлиги остидаги кучлар урушда узил-кесил ғалаба қозонишга интилиб, умумий ҳужум бошлади. Охундзода раҳбарлиги даврида Қўшма Штатлар қўшинлари олиб чиқиб кетилди ва «Толибон» пойтахт Кобул назоратини қўлга олди.
Ҳайбатуллоҳ Охундзоданинг оилавий аҳволи ҳақида ишончли маълумотлар йўқ. Маълум бўлишича, унинг 2017 йил июль ойида тасодифан вафот этган (бошқа манбаларга кўра, у афғон аскарлари томонидан отиб ўлдирилган) Абдур-Раҳмон исмли ўғли бўлган.